Die Bedienung des Programms erfolgt über die MS-DOS-Eingabeaufforderung (Win9x), die Eingabeaufforderung (Win XP), günstig ist, den "Norton-Commander" zu verwenden, sonst sind ein paar DOS-Befehle erforderlich (cd.., cd gamess, edit, del, dir, u.a.). Zuerst muss man einen Input-File erstellen. Bei Verwendung des Norton-Commanders geht das sehr bequem über den short-key "Bearbeiten". Ansonsten kann man jedes Textverarbeitungsprogramm benutzen; es muss aber reiner ascii-Text sein. Das Programm wird dann mit dem Befehl gambat name gestartet. Beim Norton-Commander gibt man diesen Befehl einfach in die Befehlszeile ein. Dabei stellt gambat eine batch-Datei dar und name ist der Name des Input-Files (ohne extension).
Nach Ablauf des Programms wird ein Output-File und ein Punch-File erzeugt. Diese kann man wiederum mit den Norton-Commander öffnen (Bearbeiten oder Ansicht).
Folgende inhaltliche Probleme stehen im Vordergrund:
Grafische Tools zur Erstellung der Molekülstruktur - Molecule Builder - gibt es eine ganze Reihe: ArgusLab
Zur grafischen Darstellung der Molekülgeometrie, der MO's, der Ladungsdichteverteilung und der Normalschwingungen muss man separate Programme verwenden (z. B. : Molekel, gOpenMol, Jmol).
Für den Vergleich mit experimentellen Daten und Literaturdaten gibt es im Internet eine hervorragende Quelle: Computational Chemistry Comparison and Benchmark Database (http://srdata.nist.gov/cccbdb/).
Die Vertrauenswürdigkeit quantenchemischer Rechnungen hängt von vielen Faktoren ab.